以《黄帝内经》、《伤寒论》、《金匮要略》、《温病条辨》为代表的中医基础理论体系形成于一千多年前，是在中国传统哲学思想的孕育下，在几千年医学实践经验的基础上产生的。
中医是哲学的研究方式，是由综合到宏观演绎的逻辑思维方法；西医是近代物理、化学的研究方式，是由分析到归纳的实体化验方法。
西医的定义是与解剖学、生理学的形成近代物理学、生物化学一样，研究对象是物质实体的结构与功能，作为基础学科所发展出来的一门全新的医学体系。中医与哲学一样，研究对象是事物运动变化的现象（或证候）的实践经验医学。
所以人们不可能用西医实体实验的方法或思维来研究中医药。
毛主席曾经在《如何研究中共党史》中强调指出，我们研究中国就要拿中国做中心，要坐在中国的身上研究世界的东西；我们有些同志有一个毛病，就是一切以外国为中心，作留声机，机械地生吞活剥地把外国的东西搬到中国来，不研究中国的特点；不研究中国的特点，而去搬外国的东西，就不能解决中国的问题。这一论述表明，不能联系实际的理论研究不仅是无益的，还是有害的；“照搬外国的东西”也是一种教条主义即“洋教条”。
如《伤寒论》中所列的那样，中医的疾病分类方法、对疾病的发展阶段的认识、用药思路等，都和西医在显微镜下只能看到物质是不一样，西医是看不到人的全部生命规律的。
比如最近看到一则旧医案：一名男性患者心肌扩大，危在旦夕。名老中医李可连开三剂药方：第一剂附子用量200克，第二剂增到加400克，第三剂猛增到500克，用药后病情开始趋缓，调理一周后出院。大剂量使用有毒的附子去救命，恐怕成为经典医案。?疗效是中医能否生存与发展的关键，而制约疗效的恰恰是药量。古人云：“中医不传之秘在于量”。
中医讲究用药如用兵。《药典》用量只是推荐用量，并非是最高限量。如何用到治病疗效的剂量才是关键。
本来西医的发展是随着物理化学的科技发展而发展起来的，西医研究的是摸得见看得着的东西，任何问题都可以通过数学形式来表达。比如某些指数的高低：体温、血压、血糖、血脂、呼吸频率、心率、肿瘤大小、热量高低等。
中医是哲学，很多东西并不一定看得见，摸得着。比如心神不定，心火亢盛，畏寒怕冷、阴不制阳、血气不通，肌肉僵直等术语。中医也研究看的见的：舌象、痰、尿液的颜色、便溏、瘰疬等。 然而中药量效关系更加复杂。从成分来说，中药是复方的，不像西医化学药品成分明确。
中医和西医是两种完全不同的体系，从思维方式到治疗方法都不一样。西医是头痛医头、脚痛医脚，哪里不舒服就治疗哪里。中医治疗办法是辨证论治，当出现某种疾病时，需要辩证，找出疾病的原因，通过药物的作用达到身体的阴阳平衡，疾病自然痊愈，不同的疾病有时候会用同样的方法进行治疗。
中医注重本人的特有性：不一样的患者即便患有病症基本相同，但因为本人健康状况不一样则必须选用不一样的治疗措施，不一样的药物。
西医注重病症的客观性：同一种病症不一样的患者在医治和服药上基本相同(可产生规模化效应)。
中医药植根于数千年的中国传统文化，现代中医应该走独立的创新之路，如何研究古典经方的药用价值，在经方的基础上推陈出新。如何加工炮制合格的中药材，如何发掘民间中医人才，开发民间验方秘方，中医不需要研究方剂中药物的含量成份，只需要研究复方中药的用量和治病疗效。中医不能用西医的实验思维来探索复方中药物的化学成份，中医不能在西医的指导下研究中医药，中医的五色五味与五脏有着密切的关系，其独特的理论或治愈疗效已被大量临床实践证明非常有效。
中医未来的发展，需要国家宽松的政策和法治环境，不能用西医思维来捆住中医的手脚，不能用西医的管理模式来管理中医，不能用西医的研究方法来研究中医药，如果现代中医用西医的思维来研究中医药必将走入死胡同。