我国历代医学家们从临床中累积经验，并在学术研究中著书立说，不断地各抒已见，相互争鸣，从而发展成为各种学术流派。医学学术方面的这种争论，在我国历史上的宋、金、元时代，比较突出，当时主要有五运六气学说之争以及刘、张、李、朱四大医家在学术观点上的争鸣。

    五运六气学说之争公元10世纪以后的北宋时代，由于社会风尚提倡理学，所谓理学，当时的理学家程颢、程颐写的〈二程全书〉上说：“天理具备，元无少见，不为尧存，不为桀亡”。就是说，“理”是脱离社会生活和具体事物而永恒存在的东西。影响所及，在医学的领域中盛行了“五行六气学说”。这在当时，对疾病的认识和治疗，有着很大的影响。公元1099年，北宋学者刘温舒著《素问入式运气论奥》，是阐述运气学说的第一本专书。在这以前，公元8世纪中叶的唐代学者王冰，在注解《黄帝内经。素问》时，也曾经增补了“天元纪大论、五运行大论、六微旨大论、气交变大论、五常政大论、六元正经大论、至真要大论”等7篇文章，是对运气学说的专题论著。所谓五运六气，就是指天有六气——风、寒、著、湿、燥、火、地有五运——木、火、土、金、水，有十干——甲、乙、丙、丁、戊、已、庚、辛、壬、癸配五运，用十二支——子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、酉、戍、亥对六气。以纪年的干支推定岁气，比如公元1918年用干支推定岁气是戊午年，过了60年以后的公元1978年则又是戊午年，于是五运六气学说用在医学上，就由岁气推定应得之病，并且制定施治的方法。公元12世纪初的北宋末年，统治者徽宗皇帝赵佶召集了全国名医编辑了一部《圣济总录》，书中强调运气和疾病治疗的关系，所谓“六气司岁，五运统岁，五六相合······六十年周周······而于地之气数备焉，终而后始······如环无端，守其数，稽其化······可谓悉矣”。

    说是在60年之间，，只要算定岁气以后，自始至终，循环不休，可以预测每年的气候变化。从而断定所能发生的疾病。从这以后，引起了学者们很多争论，有认为运气学说不可能作为临床辨证论治的依据。如公元13世纪时南宋医学陈自明就认为疾病的感染不可拘泥于五运六气，他说：“一方一郡之内，上下传染，症状相似，或只有一家，长幼皆然，或上下邻里间传染，”并指出“治毒疫痢者，虽然察五运六气之相胜，亦不可狎泥此说，助如运气相胜，岂独偏于一方一郡，而独于一家者乎。”这就说明了在同一地区内，感染相似的疾病，也许是一家大小以及邻居之间互相传染，例如患了痢疾，虽然与气候变化有关，但是不能作为定论，如果气候的变化可以断定所发生某种疾病的话，那么就不仅是一个地区或一个家庭的问题了。北宋杰出的自然科学家沈括，在他的名著《梦溪笔谈》里面指出：“医学有五运六气之术，大则候大地之变，寒著风雨水旱螟蝗，率皆有法；小则人之众疾，亦随气运盛衰。令人不知所用，而胶于定法，故其术皆不验······至于一邑之间，而肠雨有不同者，此气运安在？欲无不谬，不可得也。大凡物理有常、有变。”沈括鲜明地指出关于五运六气的理论，从大的方面说，可以推测天地的变化，预计寒暑风雨和水旱螟蝗等自然灾害；从小的方面说，人的各种疾病也随气运的起伏而变化。如果拘泥于固定的方法，用来就不灵验了。至于同一城市，有晴雨的不同，那么气运的主导作用哪里去了呢？把气运看成僵死的东西，要想不出差错，是不可能的。而且强调指出物质运动有正常的情况，还有异常的变化。沈括就是这样批判了“胶于定法”的形而上学观点，反映了他的朴素辩证法思想。

    四大医家——刘、张、李、朱的学术争鸣12~14世纪之间，时值北宋末年，女贞民族（金）入侵，占据黄河流域，北宋王朝被迫南迁，13世纪初，蒙古民族兴起，战败女贞族，占据中国北部，公元1279年又灭南宋，统治了全中国，就是中国历史上的元朝。宋、金、元之部，战争连年，人民生活困苦，饥饿劳役，疾病丛生，当时的医学家们在同疾病作斗争中，由于所处的时间、地点不同，接触的疾病对象不同，对待疾病的认识和采取的治疗方法有所不同，于是出现以刘完素（公元1120~1200年，河北河间人），张子和（公元1156~1228年，河南考城人）、李东垣（公元1180~1251年，河北真定人）、朱丹溪（公元1281~1358年，浙江义乌人）4人为代表的四大学派。学术争鸣，极大地丰富了对疾病的辨证论治内容。

    刘完素认识到疾病中的热证，对急性热病的治疗，使用寒凉药剂，具有心得，创造性地制订了不少如“防风通圣散”、“双解散”等辛凉之剂，他竭力反对使用辛温大热药物，以为“葱白、盐豉大能开发郁结，不惟中病令汗而愈，免致辛热之药攻表不中，其病转甚”。说是葱白、盐豉能够开发闭结，使疾病出点汗就全愈，不需要用那些辛热猛烈的药物，结果达不到效果，反而使疾病加重。但他并不忽视全面观点，所以又说：“病气热则除其热，寒则退其寒······除邪养正，平则守常，医之道也”。著作有《素问玄机原病式》、《宣明论方》等书。被后世称为“寒凉派”。

    张子和他在临床上善用汗、下、吐三法治病，他说：“夫病之一物，非人身素有之也，或自外而入，或由内而生，皆邪气也，邪气加诸身，速攻之可也，速去之可也”。认为“邪去则正安”。意思是说疾病这个东西，不是人身原来存在的，或者是外感还是内伤，都是邪气（致病因素），要尽快用攻的方法。因为去除了致病因素就能使机体康复（正安）。但他并不排斥其他的治疗方法，所以又说：“未尝以此三法遂弃众法，各相其病之所宜而用之。”著作有《儒门事亲》。被后世犯法为“攻下派”。

    李东恒创立了“脾胃有伤，中气不足”而致病的论点，他指出“外伤风寒，六淫客邪，有余之病，当泻不当补；饮食失节，中气不足之病，当补不当泻”。用药主张甘温补中，甘寒泻火，反对使用苦寒药物，制订了“补中益气汤”、“升阳益胃汤”等，调补脾胃、升阳益气的方剂。著作有《脾胃论》、《内外伤辨惑论》等书。被后世称为“补土派”。

    朱丹溪认为人体“阳常有余，阴常不足”，于是用药着重养阴补血，滋阴降火，说是“阴易乏，阳易亢，攻击宜详审，正气须保护”。强调要保护人体的正气，不能随便使用攻法。同时，他虽主张阴虚为病，但并不主张把这一论点推断到所有疾病，而说“人之为病有四，日寒、热、虚、实“。《格致余论》是他的代表著作。被后世称为“养阴派”。

     四家学派，虽各有它的片面性，但是他们各有主张。如李东垣对刘完素使用寒凉剂的不同意见，提出甘温补中、甘寒泻火；朱丹溪反对张子和的使用攻法，又补充了李东垣的片面用升阳益气治疗内伤，提出养阴补血的治疗方法。这种敢于发表自己独创见解的争鸣，极大地丰富了临床辨证、处方、用药的内容，促进了学术的发展。